Ninjutsu, no Anime/Mangá Naruto, é qualquer técnica que use manipulação de Chakra para ser realizada, sendo a mais tradicional das Artes Ninja (Ninpou). Geralmente precisam de Selos de Mão (que moldam o Chakra em formas específicas) e muita concentração para funcionarem com eficiência. Quanto maior for a experiência do Shinobi (Ninja), mais rápida é a velocidade da técnica, e às vezes o uso de selos se torna desnecessário.
Alguns Ninjutsus são Jutsus elementais, usam um dos cinco elementos ou uma combinação dos mesmos, os elementos são:
* Doton (Terra);
* Suiton (Água);
* Katon (Fogo);
* Fuuton (Vento);
* Raiton (Trovão);
Além desses, existem combinações de elementos que só podem ser utilizados através de Kekkei Genkai (Linhagem Sangüínea Avançada) ou pelos Bijuu's:
* Mokuton (Madeira);
* Hyouton (Gelo);
* Youton (Lava);
* Shouton (Cristal);
Também há os Ninjutsus de Selamento, os chamados Fuuinjutsus, a exemplo do Juin (Selamento Amaldiçoado), de Orochimaru; e os Jutsus Proibidos (maioria escritos em pergaminhos), os Kinjutsus, como o Tajuu Kage Bunshin no Jutsu.